遥かな未来。５つの惑星で指名手配を受ける銀河最強のお尋ね者リディックは、彼の首を狙う賞金稼ぎの手を逃れ、ヘリオン第１惑星へと辿り着く。人々が平和な暮らしを過ごすその星は、全宇宙の支配を目論む狂信集団ネクロモンガーの侵略にさらされようとしていた。そんな中、旧知の僧イマムと再会したリディックは、彼を探していたエレメンタル族の長老エアリオンから数奇な預言を託される。リディックはネクロモンガーに滅ぼされたフューリア族の生き残りであり、宇宙の救世主となる宿命を背負っているというのだ。

遥かな未来。世界はロード・マーシャル（コルム・フィオーレ）率いるネクロモンガーの狂信的な軍団によって、征服の危機にあった。その頃、氷の惑星でひっそりと暮らしていたお尋ね者のリディック（ヴィン・ディーゼル）は、トゥームズ（ニック・チンランド）率いる賞金稼ぎたちに執拗に追い回されていた。旧知の男イマム（キース・デイヴィッド）が住むヘリオン第1惑星に向かったリディックは、エーテル状の生命体エレメンタル族の使者エアリオン（ジュディ・デンチ）と対面。エアリオンは、ロード・マーシャルによって撲滅されたフューリア族の生き残りがリディックではないかと考え、彼を探していたのだった。やがてネクロモンガー艦隊の総攻撃が始まり、リディックは脱出するが、トゥームズに捕まってしまう。彼の心理を巧みに操作し、惑星クリマトリアの刑務所に向かわせるリディック。そこには、かつてリディックに憧れていた少女キーラ（アレクサ・ダヴァロス）がいた。刑務所の中で再会した2人は他の囚人たちと脱出を図り、その行く手にロード・マーシャルの差し向けた司令官ヴァーコ（カール・アーバン）とピュリファイア（ライナス・ローチ）が立ちはだかる。いよいよリディックは、ロード・マーシャルと全面対決。戦いの中で危機に陥ったリディックをキーラが助けるが、彼女は殺されてしまう。そこから反撃に出たリディックは戦いに勝利し、ロード・マーシャルに代わって、ネクロモンガーのリーダーとして迎えられるのだった。