21世紀初頭、人類はゴジラに蹂躙された地球に多くの人命を残し、選ばれし者達だけで恒星間移民船・アラトラム号に乗って移住可能な「約束の地＝タウ星e」を目指した。
しかし計画は失敗し、人類は再び地球へと舞い戻ることになってしまう。そして、長距離亜空間航行によって生じた時空の歪みは、人類が戻るべき場所を「二万年後の地球」に変えてしまっていた。
その地球で主人公・ハルオたちはゴジラの攻撃を受けながら、20年間考え続けた「対ゴジラ戦術」をエクシフとビルサルド、2種族の異星人と共に実行し、決死の戦闘でゴジラを倒すことに成功する。

しかし、喜びも束の間、地中深くから真のゴジラ＜ゴジラ・アース＞が姿を現す。二万年もの間成長を続け生き永らえ、体高300メートル、質量10万トンを超える姿へと進化した超巨大ゴジラの圧倒的な破壊力を前に、
ハルオたちは散り散りになってしまう。

そしてハルオを救ったのは、人類の生き残りと目される「フツア」の民、ミアナだった。
フツアはこの地球で初めて出会った人型の生命種族である。彼らは人類の子孫なのか―――。
「フツアの神もゴジラに破れ、今は卵を残すのみ。挑むもの、抗うもの、すべて炎に呑まれて消える」という彼らにハルオは、「これは、人類の手に地球を取り戻す、最後のチャンスなんだ」と語り返す。
一方、ビルサルドの指揮官・ガルグは、フツアの持つ矢じりが“自律思考金属体＝ナノメタル”でできている事に気がつき歓喜する。
それは、21世紀に彼らが富士山麓で「対ゴジラ決戦兵器」として開発するも、起動寸前で破壊された＜メカゴジラ＞を構成するものと同じ物質であり、その開発プラントが今もなお、残っている証だった―――。

2017年、『ゴジラ』は新たな領域へ足を踏み入れた。全三部作で描かれる、アニメーション映画『GODZILLA』（通称：アニゴジ）の誕生である。

昨年11月に公開された第一章『GODZILLA 怪獣惑星』はゴジラ映画史上初の3DCGアニメーション作品であり、その映像体験は大きな驚きと称賛をもって迎えられた。
アニゴジ全三部作で描かれるのは二万年もの間、地球に君臨し続けてきた＜ゴジラ＞と絶滅の縁に追い詰められながらもそれに抗う「人類」の物語。

監督は、昨年公開の劇場版『名探偵コナン から紅の恋歌（ラブレター）』で邦画年間興行収入ランキング1位を獲得し、確かな演出力を遺憾なく『怪獣惑星』でも発揮した静野孔文
3DCGの第一線で培われた手腕を『シドニアの騎士 第九惑星戦役』、『亜人』、『BLAME!』で磨きあげ、余すことなくその魅力をフィルムに焼きつけた瀬下寛之が務める。

ストーリー原案はシリーズを通して、『魔法少女まどか☆マギカ』や『PSYCHO-PASS サイコパス』などで知られる虚淵玄が担当。
前作のラスト、観る者全てを出し抜いた突破力抜群のアイデアに今作も驚かされるのは間違いない。

制作は『スター・ウォーズ：クローンウォーズ』等に加え、昨年『Lost in Oz』でも米国エミー賞最優秀賞（デイタイム・エミー賞アニメーション番組特別部門最優秀賞）の通算4度目の受賞を果たした国内最高峰の3DCGスタジオ、ポリゴン・ピクチュアズ。
元富士山麓で繰り広げられる壮絶な決戦をダイナミックな描写で表現する。

劇中音楽は本年の『映画ドラえもん のび太の宝島』でも“未知の世界”を大胆かつ繊細に奏でる服部隆之が、前作に引き続き、二万年後の地球に響き渡る＜ゴジラ・アース＞の咆哮に匹敵する圧倒的な存在感で音を奏でます。

第二章『決戦機動増殖都市』では、体高300メートルを超える歴代最大のゴジラ＜ゴジラ・アース＞を倒すためにシリーズ不動の人気を誇る＜メカゴジラ＞が新たな姿で現れる。